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甲方是否可扣减工程价款 不能简单判定甲方是否可以扣减工程价款。 法律依据 从合同履行角度，合同约定 9% 税率，实际开 3% 发票不符合约定。但建筑行业中总公司中标分公司施工较常见，分公司作为独立纳税主体按小规模纳税人 3% 税率开票有合理性，依据《增值税暂行条例》及其实施细则。若双方无法协商解决，法院或仲裁机构会综合多因素判定，甲方不能随意扣减工程价款，双方可协商解决，比如调整价款计算方式或采取补偿措施。