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你公司作为农产品初加工企业，收到合作社开具的税率为 1% 的农产品普通发票，不能抵扣 9%. 根据《财政部 国家税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37 号）等文件规定，一般纳税人购进农产品，只有从依照 3% 征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票时，才能以增值税专用发票上注明的金额和 9% 的扣除率计算进项税额.